Bereits 1940 sollte der Hafen Friedrichshafen ein Motorschiff von der Größe des bayrischen MS Allgäu erhalten, das den Namen MS Stuttgart tragen sollte.
20 Jahre später, stellte die Deutsche Bundesbahn ihr erstes großes Dreideckmotorschiff nach dem Krieg in Dienst, das den Namen MS Stuttgart erhielt, und in Friedrichshafen stationiert wurde. Das Schiff erhielt die Schiffsglocke des SD Christoph II.
Das Flaggschiff der Friedrichshafener Flotte ersetzte den 55 Jahre alten, ehemals bayrischen SD Lindau.
Dem MS Stuttgart folgt 1962 das Schwesterschiff MS München und 1964 die Halbschwester MS Konstanz.
Das MS Stuttgart, wurde 1999 nach Lindau verlegt wo es die Kurse des ausgemusterten MS Allgäu übernommen hat.
Im Winter 2001/2002 wurde das Schiff in der Werft in Friedrichshafen komplett überholt und modernisiert.
Zum Beginn der Saison
2006 wechselt MS Stuttgart erneut seinen Heimathafen und wird nach
Konstanz verlegt, um die dortige Flotte nach der Ausmusterung von MS
Überlingen zu ergänzen. Ersatz ist MS
Schwaben, das nach Lindau verlegt wird.
MS Stuttgart wird auf den Oberseekursen und Sonderfahrten ab Konstanz eingesetzt.
Im Frühjahr 2010 kommt MS Stuttgart zur Landrevision in die Bodanwerft Kressbronn und erhält dort eine neue Motorenanlage.